tablet以及bandage评估

在之前的文章中，我们介绍了quast和bosco评估软件，今天将为大家带来两款用于可视化拼接序列的软件。这两款软件均可以在windows系统下运行，只需准备好输入文件即可操作，linux系统下的图形化界面也已得到更新，感兴趣的用户可以自行探索。

1. Tablet可视化

   使用Tablet软件可以直观地检查基因组每个位点的覆盖度情况。通过将测序数据与已拼接好的基因组进行bwa比对，可以查看每个位点的覆盖情况，并通过Tablet进行可视化扫描。

   # 与拼接结果比对
   bwa-mem2 index spades.fa
   bwa-mem2 mem -t 12 spades.fa ../data/clean.1.fq.gz ../data/clean.2.fq.gz > spades.sam
   <h1>samtools处理比对结果</h1><p>samtools sort -@ 12 -o spades.sorted.bam spades.sam
   samtools index spades.sorted.bam</p><h1>对spades.fa建立索引</h1><p>samtools faidx spades.fa</p><h1>Tablet可视化</h1><p>mkdir tablet
   mv spades.fa spades.fa.fai spades.sorted.bam spades.sorted.bam.bai tablet

   登录后复制

   将上述四个文件（其中两个是索引文件）复制到Windows系统下，即可使用Tablet进行可视化。

2. Bandage可视化

   Bandage（一个用于简化de novo组装图导航的生物信息学应用）是一款用于交互式可视化基因组组装图的软件。它可以直接使用Velvet、SPAdes、Trinity和MEGAHIT等软件的输出结果，支持gfa格式文件。通过Bandage，可以直观地查看有问题的连接区域，从而改善基因组拼接效果。

   Bandage提供了缩放和平移图形、自定义可视化、搜索序列和提取序列等多种操作功能。

   

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   查看详情

   网址：https://www.php.cn/link/a962a696f2d82cff7b5425a562468a46

   使用说明：https://www.php.cn/link/fdb2b215aca454782c69bc1ee9a85d81

   可以使用SPAdes拼接结果中的fastg和gfa文件导入Bandage软件进行可视化。

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