如何在Windows电脑上使用LDSC软件(2)------LDSC的安装-linux运维-PHP中文网

如何在Windows电脑上使用LDSC软件(2)------LDSC的安装

雪夜

发布： 2025-07-19 10:06:40

原创

288人浏览过

在上一期的内容中，我们已经完成了linux子系统的安装，今天我们将在linux子系统上安装ldsc，这是一个不小的挑战！！！

以下Linux代码用于升级相关软件：

sudo apt-get update
sudo apt-get install --reinstall build-essential

登录后复制

接下来，下载Anaconda的Linux版本（https://www.php.cn/link/07c4e1bc5b4228901136e90dad3209a2。

LDSC最简单的安装方法是按照官方网站提供的步骤（https://www.php.cn/link/8451dd97e66989d4b6d30d118cb8270e）：

git clone https://www.php.cn/link/8451dd97e66989d4b6d30d118cb8270e.git # 下载ldsc
cd ldsc # 进入ldsc文件夹
conda env create --file environment.yml # 配置ldsc环境
source activate ldsc # 激活ldsc环境
./ldsc.py -h # 查看ldsc程序是否能正常运行
./munge_sumstats.py -h # 查看munge_sumstats是否能正常运行

登录后复制

如果上述步骤无法完成LDSC的安装，建议按照以下教程进行安装：

首先，自行创建一个名为ldsc的工作环境：

conda create --name ldsc
source activate ldsc # 激活并进入ldsc环境

登录后复制

此时，系统的前面会出现(ldsc)这样的小标志，如下图所示：

如何在Windows电脑上使用LDSC软件(2)------LDSC的安装

FashionLabs

AI服装模特、商品图，可商用，低价提升销量神器

查看详情

如果有代理，建议开启代理，这样可以直接使用bioconda下载相关依赖包。如果无法使用代理，可以使用国内的镜像：

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

登录后复制

接下来，逐步安装所需的软件和安装包：

conda install python=2.7 # 安装python 2.7
conda install pybedtools=0.7 # 安装pybedtools 0.7
conda install nose=1.3 # 安装nose 1.3
conda install bitarray=0.8 # 安装 bitarray 0.8
pip install scipy==0.18 # 安装scipy 0.18
pip install pandas==0.20 # 安装pandas 0.20
pip install numpy==1.16 # 安装numpy 1.16
export PATH=~/ldsc:$PATH # 配置环境变量
echo $PATH

登录后复制

然后，我们输入 ldsc.py -h，如果出现如下页面，说明安装成功：

如何在Windows电脑上使用LDSC软件(2)------LDSC的安装