day12三、文本查看、操作、统计命令1、文本查看的五个命令
| 命令 | 常见参数 | 常见用法 |
|---|---|---|
| cat | ①-A:显示所有内容,包括特殊字符;②-n:显示所有行号,-b 显示非空行行号 | ①向文件写入内容:$ cat > file(>为重定向符),输入内容后按Ctrl+C结束,再使用cat file查看;②zcat可用于查看压缩文本文件。 |
| head / tail | -n:指定显示前/后n行,默认10行 | $ cat Data/example.gtf |
| more | 参数 文件名 | 分页查看文件内容,空格翻页,回车换行,q退出 |
| less | ①-N:显示行号;②-S:单行显示;③zless:查看压缩文件;④/keyword搜索关键词;⑤n/N浏览关键词;⑥g/G快速回到开头/结尾。 | 支持更多功能的分页查看器,more更简单,less为其增强版,可独立显示内容,也可通过管道传递给head输出。 |
2、文本操作和统计命令
| 命令 | 常见参数 | 常见用法 |
|---|---|---|
| wc | ①-l:统计行数;②-w:统计单词数(含空格);③-c:统计字节数 | 可同时处理多个文件进行统计,常用于计算行数。 |
| cut | ①-d:指定分隔符,默认为\t;②-f:选择要输出的列 | ①不仅支持符号作为分隔符,也可以使用字母或数字等字符,如cut -d 'h'将以h作为分隔符。 |
| sort | ①-n:按数值排序;②-V:识别字符串中的数值排序;③-r:逆序排列;④-k:按指定列排序;⑤-t:指定分隔符 | 示例:cat Data/example.gtf |
| uniq | -c:统计连续重复行的数量 | uniq只能删除相邻重复行,因此通常需要配合sort使用。 |
| paste | -d:指定合并分隔符;-s:按行合并 | ①纵向合并用cat,横向合并用paste;②paste file1 file2;③seq 20 |
| tr | -d:删除特定字符;-s:压缩连续重复字符 | tr ‘’ ‘’用于替换字符,前者被后者替换。 |
| md5sum | -c:校验MD5值 | ①生成MD5:md5sum;②保存:md5sum Data/reads.1.fq.gz > reads.1.fq.gz.md5;③验证:md5sum -c reads.1.fq.gz.md5 |
补充说明:column -t可以让表格对齐更好看;制表符为\t(cat显示为^I);换行符为\n(cat显示为$);MD5主要用于验证数据完整性,确保完全一致。
3、练习题
练习1
练习2
练习3
练习4
练习5
练习6
练习7
练习7
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