几点：1、你用console.log()跟踪一下fnLarge里面的i值就知道问题在哪里了。
2、明明css3的transition和animation那么好用,为什么还非要写js？

代码存在很多毛病
1.状态维护错误，i和opacity应该同时变化，但代码中有的地方i和opactiy没有同时设置，导致两者数据不一致
2.存在多个定时器，未对定时器进行同步，导致竞争条件，导致结束状态不确定。
最简单的修改方案是每次点击时重置应用状态

    function reset(){
            i = 0;
            var oMenu = document.getElementById("menu");
            oMenu.style.opacity = 0
   }
   function emotion() {
            reset()
            var oMenu = document.getElementById("menu");

            //渐现
            fnLarge();
            //一秒后渐隐
            setTimeout("fnSmall()", 1000);
        }

在你第一次点击完了之后i的值是0.1,在函数fnSmall（）里面有判断i是大于0.1的，问题出在这里

@sirqiao 是正确的，你的Fnlarge里的i值作用范围为整个<script>而fnsmall里的i值作用范围为fnsamll函数。所以当全局的i值在fnlarge里增加后，fnsamll并未将此i值减小，导致第二次点击时，Fnlarge里的i值仍等于1。

同时计时器部分感觉不太好，假如后期想渐渐显示2s后渐渐隐藏，要改的地方就多了。不如将fnsamll作为fnlarge跳出循环后的返回函数。

而fnsamll里omenu的display：none应该删除。