replace第一个参数为一个字符串时, 它其实做的是文本替换, 所以这里的'$#$'和正则表达式无关, 所以第一次replace只是把字符.替换成'$#$', 看到后面的代码(第三次replace)又把它转换回来, 可以推测目的只是为了把'.'转换成一个比较特殊的字符防止被第二个正则替换给替换掉

试着解读一下:

someText
.replace(".", "$#$") //1. 把字符'.'替换成'$#$', 因为replace对于字符串只匹配一次, 所以只会替换第一个'.'
.replace(/\./g, "") //2. 把其余的字符'.'替换为空字符串(删除)
.replace("$#$", ".") //3. 把字符'$#$'替换回原来的'.'
.replace(/^(\-)*(\d+)\.(\d\d).*$/, '$1$2.$3')) 
/*
4.
^ : 字符串开始;
(\-) : 第一组匹配, 匹配1个'-'; 
* : 重复匹配`-` 0-n个, 但不进入分组
(\d+) : 第二组匹配, 匹配1-n个数字;
\. : 随后匹配一个'.';
(\d\d) : 第三组匹配, 一个两位的数字;
.*$ : 后面匹配任意字符0-n个, 直到字符串结束.

替换的目标是: '(第一组匹配)(第二组匹配).(第三组匹配)'
*/

不知道是不是这个意思。。

'---12.3...4.56..78.90'.replace(/^(-)*(\d+\.)[^\d]*(\d)[^\d]*(\d).*/, '$1$2$3$4')