第一种方式可以改用建造者模式
第二种方法是普通的创建类的实例

var module = {
    buildModule: function(el) {        
        var configMap = {};
        var stateMap  = {};
        
        var clearLocalStorage = function() {
        };
        
        var saveLocalStorage = function() {
        };
        
        var loadLocalStorage = function() {
        };
    
        var initModule = function() {
            module.el = el; // 实例属性的例子，不会和其它实例冲突
        };
        
        var module = {
            // 想导出的方法
            clearLocalStorage: clearLocalStorage,
            saveLocalStorage: saveLocalStorage,
            loadLocalStorage: loadLocalStorage,
        };
        
        initModule(); // 如果不需要在别处调用，也可不要 initModule 函数，把代码直接放在这里
        
        return module;
    }
};

var module1 = module.buildModule($('.box'));
var module2 = module.buildModule($('.box2'));

没有。因为第一个module就是一个对象啊，而第二种写法里面是new了两个不同的对象。要想不冲突，肯定是要在不同的对象上操作的。

第一种写法如果想要不冲突，就要保证 configMap、stateMap是常量或公共变量，否则你要把各个调用者需要的变量隔离开，写到initModule 内部，可以来个闭包。

var module = (function(){
    var initModule = function(){
       var configMap = {},
            stateMap  = {};
       return function(){
       
       }
    };
    
    return { initModule : initModule };
})();

module.initModule()($('.box'));
module.initModule()($('.box2'));