npm i --save https://github.com/qiu8310/jquery-legacy.git # npm 里有个 jquery-legacy 现在jq的路径有问题，所以直接使用另一个fork的git仓库
npm install jquery@2 # 现在不加版本默认安装3了

然后js文件里

require("jsdom").env("", function(err, window) {
    if (err) {
        return console.error(err);
    }

    var jquery2 = require('jquery')(window);
    console.log(jquery2.fn.jquery);
    var jquery1 = require('jquery-legacy')(window);
    console.log(jquery1.fn.jquery);
});

参考：

• https://docs.npmjs.com/cli/in...

bower.json 可以 使用以上方法.
npm 可以推荐 https://github.com/npm/npm/is...

但是最简单直接的方法是, "不要出现这种情况"

一般来讲的话 在你需要安装的插件后面加上版本号就可以
但是这样的话，你这个包管理工具也就失去了意义了吧
你可以用bower 安装不同的版本