差不多理解了这个了，可能有理解错误的地方，求轻喷。

这个可以从执行环境的角度来理解。在js里面，当执行流进入一个函数的时候（或者说当开始执行一个函数的时候），函数的执行环境会被推入到一个环境栈里面，函数执行结束后又会将该环境弹出。

这样前两个box()()实际上每次执行的时候，函数环境都被推入到栈里面，结束后又会被弹出，所以两个互不影响，都是2。
但是c=box()的时候，因为c一直保持着box()的执行，所以执行环境没有被弹出，后面两个c()就都在同一个执行环境里面了，所以是同一个a，就变成了2和3.

问了师兄，他的解释是每个函数的作用域都是独一无二的，函数执行完后里面的东西都会清空，所以box()()执行两次后都是2，而c，即box()，实际是一直引用着box里面的a变量，所以一直不会被清空，大概类似于:
var a=1;
function c(){
a++;
alert(a);
}
c(); //2
c(); //3

c 方法访问到的是同一个 a，就酱

function box(){
    var a = 1;
    return function(){
        a++;
        alert(a);
    }
}

// 调用了两次 box()，返回了两个闭包。闭包中的 a 不是同一个。
box()(); // 调用 box()，返回闭包。a = 1, a++ 结果 a 值为 2 。
box()(); // 同上。

// 调用一次 box()，返回了一个闭包，调用 c() 时的 a 是同一个。
var c = box(); // 返回闭包，a 值不销毁。
c(); // a 值 +1，2。
c(); // a 值再 +1，3。

你都说了是闭包问题了………
第一个里面重置了a～

第一个执行流程是
var a=1;
a++;
alert(a);

var a=1;
a++;
alert(a);

第二个执行流程是
var a=1;
a++;
alert(a);

a++;
alert(a);

==================

box()();//2
box()();//2
这种执行方式，先执行了box();
再执行box()里面的function
因此在每次执行都会有
而

var c=box();
c();//2
c();//3
这种方式。只在第一次给c赋值的时候执行了一次box() //c=box()
之后都只执行了box（）里面的函数
也就是说，如果你这么写

var c=box();
c();//2
var c=box();
c();//2

就跟第一个方式相同

执行第一句 box()()：
box 创建了一个 a 然后返回了一个新的函数，这个函数给 a 加了 1，然后执行了一下这个函数。

执行第二句 box()()：
box 又创建了一个 a 然后又返回了一个新的函数，这个函数给这个新的 a 加了 1，然后执行了一下这个新的函数。

这两次创建的 a 没任何关系，返回的函数也没任何关系。

执行 var c = box()：
定义了变量 c 为执行 box 后返回的那个新函数，这个新返回的函数 c 给 box 再次创建的那个新的 a 进行加 1.

执行了两次 c()：给最后创建的那个 a 加了两次，第一次变成 2，第二次变成 3.

执行的这两次都是执行同一个函数，改变同一个 a。

1.俩闭包
2.一个闭包

闭包

第一次类似如下：
var b = box();
b();
var b1 = box();
b1();
结果正如输出