我自己找了资料解决了这个问题，方法如下：

gulp.task("index", function() {
    var jsFilter = filter("**/*.js", { restore: true });
    var cssFilter = filter("**/*.css", { restore: true });
    var indexHtmlFilter = filter(['**/*', '!**/index.html'], { restore: true });

    return gulp.src("src/index.html")
        .pipe(useref()) // Concatenate with gulp-useref
        .pipe(jsFilter)
        .pipe(uglify()) // Minify any javascript sources
        .pipe(jsFilter.restore)
        .pipe(cssFilter)
        .pipe(cssmin()) // Minify any CSS sources
        .pipe(cssFilter.restore)
        .pipe(indexHtmlFilter)
        .pipe(rev()) // Rename the concatenated files (but not index.html)
        .pipe(indexHtmlFilter.restore)
        .pipe(revReplace()) // Substitute in new filenames
        .pipe(gulp.dest('dist'));
});

把rev放在filiter作用域里面去应该能解决你的问题

加版本号的好像要单独在建一个任务，用到的包 gulp-rev 和 gulp-rev-collector
差不多是这样

gulp.task('markVersion', () => {
    const needFile = ['**/*.{js,css}'];
    return gulp.src(needFile)
        .pipe($.rev())
        .pipe(gulp.dest(appInfo.revDir))
        .pipe($.rev.manifest())
        .pipe(gulp.dest(appInfo.revDir + 'rev'));
});
gulp.task('addVersion', () => {
    return gulp.src(['**/rev/**/*.json', appInfo.revDir + '*.html'])
        .pipe($.revCollector())
        .pipe(gulp.dest(appInfo.revDir));

});

分为两个步骤，先给css/js文件加版本号，然后修改html文件的引用