你这代码写的比较奇怪……我重新写了个，你参考下。

function destroyer(arr) {
    var del = Array.prototype.slice.call(arguments,1);

    return arr.filter(function(item) {
        return(del.indexOf(item) < 0);
    });
}

你的逻辑没看懂，不过按你的逻辑，大概你想要的是下面这个结果（true 和 false 以及中断条件有可能与你本意相反，你自己酌情处理）

    var brr = arguments[0].filter(function(x) {
        for (var j = 1; j < arr.length; j++) {
            if (x != arr[j]) {
                return false;
            }
        }
        return true;
    });

function destroyer (arr) {
     let items = [].slice.call(arguments, 1)
     return arr.filter(x => items.indexOf(x) < 0)
}

你的逻辑怪怪的，没看懂

filter理解错误，filter的参数函数接受一个返回值，里面循环第一次返回当然就结束了，filter只是根据当前参数item来返回一个值的功能。

还有arguments都已经是不推荐使用的东西了。
如果要做一个从数组里删掉特定项的函数，有无数种方法实现，非要这么复杂和不可读吗？

题主的逻辑是不是“过滤掉第一个数组参数中和后面参数相等的元素”

如果不是，请忽略答案
如果是的话，也就是“过滤掉[1,2,3,1,2,3]中的[2,3]”，
那么分析题主的代码的过滤函数如下：
1-> 1!=2 return true 还应判断1!=3
2-> 2!=2 return false 过滤掉
3-> 3!=2 return true 还应判断1!=3
……
可以发现逻辑是有问题的，都只是和2进行了比较，实际上1、3还需要和3比较才能确定。
应该改为：

for(var j=1;j<arguments.length;j++){
    if(x==arguments[j]){
        return false;
    }
}
return true;