引用类型的变量用==或者是===的时候，比较的是它们的引用地址，而非内容。
就你的代码而言，a和后面的[1,3]已经不是同一个对象了，虽然它们内容一样，那也是不相等的。
你要比较数组，那还是自己封装一个函数比较好

Array.prototype.isEqual = function(arr) {
    if(this.length !== arr.length) {
        return(false);
    }
    for(let i = 0; i < this.length; i++) {
        if(this[i] !== arr[i]) {
            return(false);
        }
    }
    return(true);
}

var a = [1,3];
console.log(a.isEqual([1,3]));

数组是一个对象，两个数组相比较比较的是“地址”，两个不一样的数组的地址自然是不一样的。

对了，这里说的不一样是指不是同一个数组，和数组里的项的值无关。

告诉你个捷径，走的通的：
var a=[1,3];
console.log(a.toString()==[1,3]);
这样输出为true

是要判断包含元素是否全部相同吧

可以循环做判断，顺序不同的话就先排序再循环

记得在哪见过还有一种方法：
[].toString()==[].toString()
顺序不同就先排序

判断两个数组是否相同，可以先判断他们的长度是否相等，然后通过for循环依次判断对应位置的元素值是否相等，别无他法。因为数组是特殊的对象，对象如此，数组也是如此。
var a=[],b=[];a==b;//false

对象(数组也是对象)，存在指针指向的内存中地址的问题。
换言之，两个对象虽然看上去长的一样(外在)，但是其指针指向的内存中地址不一样(内在)，所以它们永远不相等。
只能取判断它们的属性/属性值是否相等，来判断它们外在是否相等。