个人认为会按情况：
开发：
一般都是根据模块分开的，会产生很多小文件。要比都写到一个文件里容易管理。

发布：
对于web项目，应该按组件或者功能进行合并打包，这样每打开一个页面时，就加载这一个js，这个js只负责这一个页面的功能。如果有js代码是多个页面共用的，就也独立出来（比如jquery一样的）。能做到按需加载就最好不过。

对于本地应用项目，建议是打包到一个文件中，因为对于本地应用，载入速度=硬盘读取速度，跟web项目区别非常大。读一个文件对系统来讲是持续读，读多个文件就变成随机读，打开个没多大的的本地应用，硬盘嘎吱嘎吱响，等半天，是非常不爽的。
顺便鄙视一下大量的node项目，module里套module，重复率特高，文件绝对路径特长，跑一次感觉硬盘都折寿了。

最好分开写，。上线时再合并~

具体问题具体分析吧，前期项目开发肯定按规范分开写的，项目上线后，某些可以合并，有些则不用，也不能盲目的追求全部合并，就合并js提升加载的效率并不是那么立竿见影的，还不如整理整理js代码，去掉冗杂的比如事件与方法

会分model和view，之后用requireJS加载，不用合并。magento2就是这样干的。

一般划分

通用类库的js
自己公司的类库js
本项目的通用的js
当前页面的js

然后上线的时候再合并就好了。 分是肯定要分开的，模块化么