每一个函数都有一个作用域，在将函数添加到执行栈中的时候，函数里的各个变量到底是什么就已经决定了（除去一些动态的情况，比如this，比如你在函数中去取外部作用域的值或者页面上的元素）。你将fun传给run，run的形参fun就指向了外部的fun函数，即这时候有两个引用指向该函数。当你改变外部fun的指向的时候，函数内的fun指向并没有改变。

所以，只要确保run函数内的fun指向始终指向外部就可以的。改法如下：

var fun = function(){console.log("fun!")};
var fun1 = function(){console.log("fun1!")};

function run(){ // 这里去掉形参fun，让内部的fun始终指向外部函数
    setTimeout(function(){
        fun();
    },1000);
}
run(fun);
fun = fun1;

这是我根据@ne_smalltown提供的方法修改的方法，一定程度上消除了耦合, 而且体现了JS中对象作为参数传递的传引用的副本 按对象共享传递的特性。@ycwalker

var o = {
    callbackfun:function(){console.log("default!")},
    fun:function(){console.log("fun!")},
    fun1:function(){console.log("fun1!")},
}
function run(o){
    setTimeout(function(){
        o.callbackfun();
    },1000);
}
run(o);
/*动态修改回调, 使用callbackfun避免覆盖原方法*/
o.callbackfun = o.fun1;

你这写法其实是个闭包，fun传进去后，就成了内层函数的私有静态变量了，外部没法改变fun的值。

function run(fun){
    function(){
        fun();
    }
}