moduleC.js:

(function() {
    var foo = function (a, b) {
        return a - b;
    };

    this.moduleC = {foo: foo}; // 没有用AMD规范，那么除了绑定在已有的变量中，比如jquery的插件。另外就只能绑定到全局下面，否则是识别不了的。你上面的那种return的写法，那是AMD规范才那么写，你现在的shim就是针对不符合AMD规范的模块，所以不能那么写。
}(this));

main.js:

requirejs.config({
    paths: {
        'moduleC' : 'moduleC'
    },
    shim: {
        'moduleC':{
            exports: 'moduleC' // exports的值必须和moduleC.js里面要导出的值相同，他才能解析得到
        }
    }
});

require(['moduleC'], function(mc) { // 而这个值只是个变量名，所以我随便取什么都行，比如这里的mc
    console.log(mc);
});

为什么不把 moduleC.js写成ADM规范的？
类似：
defined([],function() {

var foo = function (a, b) {
    return a - b;
};
return {
    foo: foo
};

}

其实2楼说的已经很完善了。不过你调试就发现moduleC.js其实加载了，至于报错是因为只是单纯的加载了moduleC.js。而没有调用你的moduleC()函数。

moduleC().foo(1, 2); //你可以这么写
//moduleC现在还是个函数，而这个函数是：
function moduleC() {
    var foo = function (a, b) {
        return a - b;
    };

    return {
        foo: foo
    };
}
//moduleC()后就是你return的对象这样就可以用了