深入理解Xarray数据集合并：基于共享坐标的复杂数据整合

理解数据集结构与合并目标

我们首先定义两个示例xarray数据集：obs 和 pos。

• obs (observations) 数据集：
  • 包含 n_points_won 和 n_points_lost 两个数据变量。
  • 其核心坐标是 h2h_id，这是一个 pandas.MultiIndex，由 player_id 和 opponent_id 组成。这表示每条观测记录都与一对特定的玩家相关。
• pos (posterior/model output) 数据集：
  • 包含 alpha 和 beta 两个数据变量，代表模型输出的参数。
  • 其维度包括 chain、draw、player_id 和 opponent_id。这些参数是针对每个玩家对在不同模拟链和绘制中生成的。

我们的目标是创建一个新的数据集，它能够将 obs 中的观测数据与 pos 中对应 player_id 和 opponent_id 的 alpha 和 beta 值关联起来，最终的数据变量应能通过 h2h_id、chain 和 draw 等维度进行访问。

初始尝试使用 xr.combine_nested 可能会遇到 ValueError: concat_dims has length 2 but the datasets passed are nested in a 1-dimensional structure。这是因为 xr.combine_nested 主要用于沿着现有维度进行简单的拼接，而不是基于不完全对齐的坐标进行复杂的合并和对齐。

逐步合并策略

为了实现复杂的合并目标，我们将采用以下步骤：

1. 初始化数据

首先，创建示例数据集 obs 和 pos。

import numpy as np
import xarray as xr
import pandas as pd

N_CHAINS = 4
N_DRAWS = 1000
N_PLAYERS = 5

player_idx = [1, 1, 2, 3, 4, 4, 0, 0, 2, 2]
opponent_idx = [0, 3, 1, 4, 1, 1, 1, 4, 3, 3]

h2h_idx = pd.MultiIndex.from_tuples(
    tuple(zip(player_idx, opponent_idx)), names=('player_id', 'opponent_id')
)

obs = xr.Dataset(
    data_vars=dict(
        n_points_won=(['h2h_id'], np.array([11, 11, 8, 9, 4, 11, 7, 11, 11, 11])),
        n_points_lost=(['h2h_id'], np.array([9, 9, 11, 11, 11, 1, 11, 2, 3, 6])),
    ),
    coords=dict(
        h2h_id=(['h2h_id'], h2h_idx),
    )
)

alpha = np.random.rand(N_CHAINS, N_DRAWS, N_PLAYERS, N_PLAYERS) * 100
beta = np.random.rand(N_CHAINS, N_DRAWS, N_PLAYERS, N_PLAYERS) * 100

pos = xr.Dataset(
    data_vars=dict(
        alpha=(['chain', 'draw', 'player_id', 'opponent_id'], alpha),
        beta=(['chain', 'draw', 'player_id', 'opponent_id'], beta),
    ),
    coords=dict(
        chain=(['chain'], list(range(N_CHAINS))),
        draw=(['draw'], list(range(N_DRAWS))),
        player_id=(['player_id'], list(range(N_PLAYERS))),
        opponent_id=(['opponent_id'], list(range(N_PLAYERS))),
    ),
)

2. 重置索引以暴露共享坐标

在 obs 数据集中，player_id 和 opponent_id 是 h2h_id MultiIndex 的组成部分。为了让 xr.merge 能够识别并使用它们进行对齐，我们需要将 h2h_id 这个 MultiIndex 重置，使其内部的 player_id 和 opponent_id 成为独立的数据变量。

对于 pos 数据集，它的所有坐标 (chain, draw, player_id, opponent_id) 都是直接的维度坐标。为了在合并时能够被 xr.merge 统一处理，我们也可以将其所有坐标重置为数据变量。

obs_reset = obs.reset_index('h2h_id')
pos_reset = pos.reset_index(['chain', 'draw', 'player_id', 'opponent_id'])

现在，obs_reset 中 player_id 和 opponent_id 变成了与 h2h_id 维度相关的数据变量，而 pos_reset 中的所有坐标也变成了数据变量。

3. 执行数据集合并

使用 xr.merge 函数将 obs_reset 和 pos_reset 合并。xr.merge 会尝试根据共享的坐标和变量名来对齐数据。

• combine_attrs='override'：指示如果存在属性冲突，则覆盖它们。
• compat='override'：指示在合并变量时，即使它们不完全兼容也尝试合并，这在处理不同维度但共享坐标的数据时很有用。

merged = xr.merge([obs_reset, pos_reset], combine_attrs='override', compat='override')

此时，merged 数据集将包含 obs 和 pos 中的所有数据变量。重要的是，obs 中的 player_id 和 opponent_id 现在作为 h2h_id 维度上的变量存在，而 pos 中的 player_id 和 opponent_id 仍然是其自身维度上的坐标。

4. 基于共享坐标选择和整合数据

现在 merged 数据集包含了所有原始信息，但 alpha 和 beta 仍然是多维的，并未直接与 h2h_id 关联。我们需要从 merged['alpha'] 和 merged['beta'] 中，根据 h2h_id 维度上的 player_id 和 opponent_id 变量来选择对应的 alpha 和 beta 值。

xarray.DataArray.sel() 方法在这里发挥了关键作用。我们可以使用 merged['player_id'] 和 merged['opponent_id'] （它们都具有 h2h_id 维度）作为选择器，去从 merged['alpha'] 和 merged['beta'] 中选择数据。这种操作会根据 h2h_id 维度上的每个 player_id/opponent_id 对，从 alpha 和 beta 的 player_id/opponent_id 维度中提取相应的值。

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alpha_values = merged['alpha'].sel(player_id=merged['player_id'], opponent_id=merged['opponent_id'])
beta_values = merged['beta'].sel(player_id=merged['player_id'], opponent_id=merged['opponent_id'])

执行上述选择后，alpha_values 和 beta_values 将会具有 (chain, draw, h2h_id) 这样的维度结构，这正是我们希望将模型输出与观测关联起来的形式。

5. 沿新维度拼接整合后的数据

为了将 alpha_values 和 beta_values 作为一个单一的数据变量进行管理，我们可以使用 xr.concat 沿着一个新的维度（例如 concat_dim）将它们拼接起来。

concatenated_values = xr.concat([alpha_values, beta_values], dim='concat_dim')

最后，将这个新的 concatenated_values 数据变量添加到 merged 数据集中。

merged['alpha_beta_concat'] = concatenated_values

最终结果分析

打印 merged 数据集，可以看到它现在包含了所有原始数据变量 (n_points_won, n_points_lost, alpha, beta)，以及我们新创建的 alpha_beta_concat 变量。

print(merged)

输出示例：

<xarray.Dataset>
Dimensions:            (h2h_id: 10, chain: 4, draw: 1000, player_id: 5,
                        opponent_id: 5, concat_dim: 2)
Coordinates:
    player_id          (h2h_id) int64 1 1 2 3 4 4 0 0 2 2
    opponent_id        (h2h_id) int64 0 3 1 4 1 1 1 4 3 3
  * chain              (chain) int64 0 1 2 3
  * draw               (draw) int64 0 1 2 3 4 5 6 ... 994 995 996 997 998 999
Dimensions without coordinates: h2h_id, concat_dim
Data variables:
    n_points_won       (h2h_id) int64 11 11 8 9 4 11 7 11 11 11
    n_points_lost      (h2h_id) int64 9 9 11 11 11 1 11 2 3 6
    alpha              (chain, draw, player_id, opponent_id) float64 ...
    beta               (chain, draw, player_id, opponent_id) float64 ...
    alpha_beta_concat  (concat_dim, chain, draw, h2h_id) float64 ...

可以看到，alpha_beta_concat 变量的维度现在是 (concat_dim, chain, draw, h2h_id)，成功地将 alpha 和 beta 值与 h2h_id 维度关联起来，同时保留了 chain 和 draw 维度。

总结与注意事项

通过上述步骤，我们成功地将两个结构复杂的 xarray.Dataset 进行了合并和数据整合。这种方法的核心在于：

1. 重置索引 (reset_index): 它是解决 MultiIndex 或非直接坐标对齐问题的关键。通过将索引转换为数据变量，使得 xr.merge 能够识别并利用这些共享信息。
2. 通用合并 (xr.merge): xr.merge 是合并具有重叠或共享坐标的数据集的通用工具。
3. 基于变量的精确选择 (.sel()): 利用数据集中的数据变量作为选择器，是实现复杂数据对齐和广播的强大手段。它允许我们根据一个维度上的值来选择另一个维度上的数据。
4. 沿新维度拼接 (xr.concat): 当需要将多个对齐后的数据变量整合到一个新的数据变量中时，xr.concat 非常有用。

在实际应用中，请注意：

• reset_index 会将索引转换为数据变量，这可能会改变数据集的结构和内存占用。
• xr.merge 的 compat 和 combine_attrs 参数在处理复杂数据集时非常重要，需要根据具体需求进行设置。
• sel() 操作的性能取决于数据量和索引结构。对于非常大的数据集，考虑性能优化，例如预先排序或使用更高效的索引策略。

掌握这些技巧，将使您在处理和整合复杂的Xarray数据集时更加得心应手。

以上就是深入理解Xarray数据集合并：基于共享坐标的复杂数据整合的详细内容，更多请关注php中文网其它相关文章！